1.使用前经过清洁细菌，培养皿清洁与否对工作影响较大，可影响培养基的酸碱度，若有某些化学药品的存在，会抑制细菌生长。
2.新购的培养皿应先用热水冲洗，再置于质量分数为1%或2%的盐酸溶液中浸泡数小时，使游离碱性物质除去，再用蒸馏水冲洗2次。
3.若要培养细菌，再用高压蒸气(一般6.8*10的5次方Pa高压蒸气)，120℃的温度下30min细菌，置室温中干燥，或用干热细菌，就是将培养皿置于烘箱内，温度控制在120℃左右的情况下维持2h，即可杀死细菌的胞牙。
4.经过细菌的培养皿才能接种培养使用。
5.平版培养时为何把培养皿倒置：
培养时培养皿中会产生较多的水蒸气，水蒸气在皿盖上凝结会产生水滴，如果培养皿正置，水滴滴下会将菌落冲散，这样的话一个大菌落可能会分散开成为很多小菌落，对细菌的培养和计数都造成很大的麻烦。如果导致的话，培养基在上，皿盖在下，水滴滴下不会滴到菌落上。
细菌培养皿的清洁
1.浸泡
新的或用过的玻璃器皿要先用清水浸泡，软化和溶解附着物。新玻璃器皿使用前得先用自来水简单刷洗，然后用5%盐酸浸泡过夜;用过的玻璃器皿往往附有大量蛋白质和油脂，干涸后不易刷洗掉，故用后应立即浸入清水中备刷洗。
2.刷洗
将浸泡后的玻璃器皿放到洗涤剂水中，用软毛刷反复刷洗。不要留死角，并防止破坏器皿表面的光洁度。将刷洗干净的玻璃器皿洗净、晾干，备浸酸。
3.浸酸
浸酸是将上述器皿浸泡到清洁液中，又称酸液，通过酸液的强氧化作用细菌器皿表面的可能残留物质。浸酸不应少于六小时，一般过夜或更长。放取器皿要小心。
4.冲洗
刷洗和浸酸后的细菌培养皿都必须用水充分冲洗，浸酸后器皿是否冲洗的干净，直接影响到细胞培养的成败。手工洗涤浸酸后的器皿，每件器皿至少要反复注水-倒空15次以上，细菌用重蒸水浸洗2-3次，晾干或烘干后包装备用。
