离心超滤管通常不需要预处理即可使用（也有人说用蒸馏水洗一次会好些），不过对于蛋白质样本处理，特别是较稀的蛋白质溶液来说(<10ug/mL)，用超滤膜浓缩回收率常常是不定量的。虽然PES材料使非特异吸附小化，但是，某些蛋白，特别是稀的时候，会有问题。非特异结合的程度随着个别蛋白结构的不同而不同。含有带电的或者疏水结构域的蛋白质更易于不可逆结合到不同表面。对超滤离心管表面做钝化预处理可降低蛋白质在膜表面的吸附性损失，大多数情况下，在浓缩稀蛋白溶液之前预处理柱子可以提高回收率，因为溶液可填满膜和表面暴露的空白蛋白吸附位点。钝化的方法是预先用高容积的钝化溶液预浸泡柱子1小时以上，蒸馏水*冲洗柱子，再用蒸馏水离心一次以*除去可能残留在膜上的钝化溶液。注意钝化处理后别让膜干了。离心超滤管如果要留待以后使用，需要加无菌蒸馏水保持膜湿润。常用的钝化溶液可选择：

　　1、1％牛血清白蛋白磷酸缓冲液溶液

　　2、5％十二烷基磺酸钠蒸馏水水溶液

　　3、5％Tween-20非离子活性剂蒸馏水溶液

　　4、5％Triton-X 蒸馏水溶液

　　5、5％聚乙二醇化合物蒸馏水溶液

　　6、1％免疫球蛋白IgG磷酸缓冲液溶液

　　离心超滤管因为需要高速离心，某些对剪切力或压力诱导下易变性的不稳定样品可能不太适合。另外超滤膜上孔径是平均孔径，膜容易堵，对于有微小颗粒或者碎片的样品，能先用较大孔径的离心超滤管过滤一次，再进行下一步浓缩。